Lorsqu’un patient présentant une paralysie soudaine est arrivé à l’hôpital de Siguiri, en Guinée, les agents de santé ont immédiatement compris qu’ils étaient dans une course contre la montre. Confirmer la polio dépendait de la rapidité avec laquelle un échantillon de selles pouvait parcourir plus de 700 kilomètres jusqu’au laboratoire régional de Dakar, au Sénégal.
« Nous savions tout de suite ce qui était en jeu, » se souvient un agent de surveillance. « Sans un transport rapide des échantillons, nous travaillions dans le noir. «
La Guinée a accompli des progrès remarquables vers l’éradication de la polio. Certifiée dans le cadre de la déclaration de la Région africaine de l’Organisation mondiale de la Santé comme indemne de polio en août 2020, le pays a éliminé à la fois le poliovirus sauvage et les souches circulantes dérivées du vaccin. Pour maintenir ce statut durement acquis, la Guinée a renforcé la surveillance environnementale en collectant systématiquement des échantillons d’eaux usées dans ses plus de 1 300 cours d’eau et points d’eau (ces points d’eau ont valu à la Guinée son surnom bien connu de « Château d’eau de l’Afrique de l’Ouest »).
Pourtant, malgré une collecte d’échantillons robuste conforme aux protocoles de l’OMS, le pays faisait encore face à un goulot d’étranglement critique : acheminer ces échantillons jusqu’au laboratoire suffisamment vite pour garantir une riposte rapide.
La mise en place d’un système intégré de transport d’échantillons
Avant 2022, les systèmes de surveillance des maladies en Guinée fonctionnaient en silos. Chaque programme — polio, rougeole, Ebola et autres — gérait son propre transport d’échantillons, la rapidité dépendant largement des fonds disponibles. Pour la surveillance de la polio, les échantillons de selles mettaient souvent plus de trois semaines à atteindre les centres de coordination de Conakry, dépassant largement la fenêtre recommandée de 72 heures pour le transport. De plus, sans laboratoire national certifié, la Guinée dépendait des laboratoires régionaux de Dakar, au Sénégal.
Transporteur acheminant des échantillons vers le laboratoire. Crédit photo : Ebi Bile
En réponse, le ministère guinéen de la Santé et de l’Hygiène publique, avec l’appui de partenaires dont FHI 360 et VillageReach, a commencé à renforcer un système intégré de transport d’échantillons en 2022. Le système a d’abord été piloté dans quatre districts. Son succès rapide a attiré des appuis supplémentaires, permettant d’intégrer la surveillance de la polio et d’étendre le dispositif géographiquement.
S’appuyant sur ce pilote, VillageReach s’est associé à FHI 360 pour étendre le suivi des échantillons de 15 districts à l’ensemble des 33 districts sanitaires et aux cinq communes de Conakry. Le système connecte aujourd’hui près de 99 % des formations sanitaires du pays.
Pour atteindre les zones reculées et difficiles d’accès, les responsables ont adapté le dispositif à la géographie particulière de la Guinée : les taxis-motos ont parcouru les terrains accidentés, tandis que des embarcations relient les communautés insulaires au réseau continental. En mutualisant les ressources financières et matérielles entre les différents programmes de lutte contre les maladies, l’initiative a créé une chaîne logistique plus efficace et plus rentable, renforçant la détection et la riposte contre la polio et d’autres maladies à potentiel épidémique.
Technologie intelligente et partenariats locaux
Début 2022, les partenaires ont collaboré avec des ingénieurs locaux pour développer une application Android de suivi en temps réel des échantillons. Adoptée par le ministère de la Santé, cette application soutient une approche « One Health », permettant le suivi des échantillons pour plusieurs maladies. Les points focaux de surveillance à travers le pays utilisent des smartphones équipés de GPS et de contrôle de température pour garantir un transport sûr et rapide. Le système capture le type d’échantillon, les horodatages et d’autres données essentielles, et envoie automatiquement des alertes par SMS aux laboratoires et aux équipes de santé.
Un transporteur remettant des échantillons à un responsable de laboratoire à Conakry, en Guinée.
Crédit photo : Ebi Bile
Tout aussi importante a été l’intégration des réseaux de transport locaux. En collaborant avec les transporteurs communautaires et leurs syndicats (et en signant par la suite des contrats avec les compagnies aériennes pour des vols commerciaux vers Dakar), le système a mis en place une chaîne logistique fiable capable d’acheminer les échantillons des formations sanitaires les plus isolées jusqu’au laboratoire régional.
Impact mesurable : détection plus rapide, riposte renforcée
Les résultats parlent d’eux-mêmes. Le système intégré a réduit de plus de quatre jours le temps de transport des échantillons vers Dakar. À Siguiri, ce qui prenait autrefois des semaines se fait désormais en quelques jours. Les échantillons arrivent plus vite, les résultats de laboratoire sont disponibles plus tôt et les équipes de riposte peuvent intervenir avant que les flambées ne se propagent.
« Avant, nous nous demandions si les échantillons arriveraient tout court », témoigne un membre du personnel de laboratoire. « Maintenant, nous les suivons en temps réel. Cela change tout. »
Le système renforcé améliore non seulement la rapidité, mais aussi la fiabilité en garantissant que les cas suspects de poliovirus et d’autres maladies à potentiel épidémique sont détectés et confirmés à temps pour déclencher une riposte rapide.
Durabilité grâce à l’appropriation par le gouvernement et à l’intégration du secteur privé
À mesure que le système a mûri, l’attention s’est portée sur la durabilité à long terme. Suite aux changements dans les financements des donateurs, l’appui continu de nouveaux partenaires a permis de maintenir les opérations et d’éviter toute interruption des activités de surveillance.
« Nous avons construit quelque chose qui fonctionne », a souligné le chef de programme. « La priorité est désormais d’assurer la durabilité grâce à l’appropriation par le gouvernement, à l’engagement du secteur privé et à un investissement domestique accru. »
Des efforts sont en cours pour sécuriser un financement à long terme par une plus grande appropriation gouvernementale et des sources de financement diversifiées. Des analyses de coûts prévues permettront de démontrer à la fois les investissements nécessaires et les gains d’efficacité obtenus grâce à l’intégration. Parallèlement, le système entame une transition progressive vers la prise en charge des opérations logistiques par des entreprises de transport du secteur privé. Ce changement vise à renforcer l’efficacité, la responsabilité et la résilience tout en réduisant la dépendance aux partenaires extérieurs.
Ensemble, ces mesures positionnent la Guinée non seulement pour maintenir son statut de pays indemne de polio, mais aussi pour disposer d’une infrastructure de santé publique résiliente capable de répondre aux menaces sanitaires futures.